我之前的文章中提到過,對于生信工作者來說,理想的工作設備是mac電腦+linux服務器,但有些同學仍在使用windows平臺,或者公司只提供了windows電腦(這是常見的情況)。
在這種情況下,傳統(tǒng)的做法是先安裝一個虛擬機,比如廣為人知的VMware,然后在虛擬機中安裝linux系統(tǒng)。這種方法有一個很大的缺點,就是虛擬機會占用大量的計算機硬件資源,并且啟動也需要一定的時間,操作起來不太方便。
有沒有更好的替代方案呢?答案是肯定的,并且我強烈推薦使用:Windows Terminal + WSL。
WSL,即Windows Subsystem for Linux的縮寫,意思是Windows內置的Linux子系統(tǒng),無需虛擬機,直接在Windows下提供Linux運行環(huán)境,能夠支持大多數(shù)命令行工具、程序和應用,這對我們來說非常有用。
舉個例子:
學習Linux。WSL提供了常用的linux命令支持,如ls、cd、cat、less、tar,以及文本處理的三駕馬車sed、grep、awk,新手完全可以在WSL下入門Linux。學習腳本語言。可以在WSL下學習python、perl等腳本語言。為遠程工作提供終端。Windows的終端工具Windows Terminal非常強大,由于安裝了WSL獲得了Linux支持,我們可以在終端下通過Linux命令ssh完成遠程登錄,以及通過scp命令完成本地與遠程服務器之間的文件傳輸,這通常就足夠了。因為我們的日常工作流程通常是這樣的:
1、登錄服務器(使用ssh命令),查看有什么工作需要處理;
2、如果本地有文件需要傳到服務器,則使用scp命令;
3、在服務器上完成數(shù)據(jù)分析,運用各種命令、軟件、分析流程等,必要時編寫一些腳本協(xié)助處理;
4、分析結果打包,使用tar命令;
5、打包結果傳回本地電腦,仍然使用scp命令;
6、將結果發(fā)送給客戶或其他同事。
整個流程都可以在Windows Terminal中完成,不再需要傳統(tǒng)的xshell,SecureCRT,以及Filezilla等軟件。
因此,Windows Terminal + WSL,實在是Windows平臺下生信人學習和辦公的首選。
至于安裝,網(wǎng)上很容易找到相關資料,有興趣的可以嘗試一下。