05. Linux 介紹與工具使用（四：conda以外安裝軟件的方法）

了解計算資源和編程技巧對于生物信息學（生信）人員至關重要。本文將介紹如何在linux系統中管理磁盤空間、安裝和使用軟件，尤其是針對生信領域的工具和方法。

查看磁盤空間

在linux系統中，查看磁盤空間使用情況可以通過以下命令：

df -hl

此命令會以人類可讀的格式顯示磁盤使用情況。

軟件類型

Linux軟件大致分為兩類：

1. 二進制軟件：這類軟件已經預編譯，可以直接解壓使用（如zip、gz、bzip2等壓縮格式），非常適合新手。

2. 源碼軟件：這類軟件提供源代碼，需要通過編譯器編譯后才能使用。一般包括三個步驟：配置、編譯、安裝。

源碼軟件安裝步驟

1. 配置：通常使用以下命令：

   ./configure --prefix=安裝路徑

   安裝路徑指定軟件編譯后的可執行文件存放目錄，默認路徑需要root權限。

2. 編譯：使用make命令，但有時會遇到庫文件缺失的問題，如bwa的zlib。

3. 安裝：使用make install命令，將軟件安裝到指定目錄。

軟件安裝方法

1. 二進制文件安裝

除了使用conda外，還可以直接安裝二進制文件。

• 創建并進入文件夾：

  mkdir bowtie2 && cd bowtie2

• 版本選擇：安裝時需選擇合適的軟件版本。

• 下載：使用wget命令下載軟件：

  mkdir xxx && cd xxx wget 下載地址

• 通過FTP上傳文件：如果wget下載速度慢，可以先下載到本地，再通過FTP上傳到服務器：

  sftp root@your_sever_id put local-file [remote-file]

  更多FTP使用方法可參考：FTP使用指南。

• 通過FileZilla連接遠程服務器：FileZilla是一個跨平臺的FTP客戶端，支持SFTP連接。下載地址：FileZilla官網。

  

• 解壓與使用：解壓下載的文件，例如bowtie2：

  unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

  

• 添加到PATH：為方便使用，可以將軟件路徑添加到環境變量中：

  PATH=$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/

• 查看示例文件：通常軟件會提供示例文件以供練習。

  

• 使用bowtie2：構建索引并進行序列比對：

  bowtie2-build reference/lambda_virus.fa temp bowtie2 -x temp -1 reads/reads_1.fq -2 reads/reads_2.fq -S temp.sam

  

2. 源代碼安裝

• 下載并解壓：下載源代碼并解壓。

  

• 編譯三部曲：構建、編譯、安裝。

  

• 后續操作：與二進制文件類似，將文件路徑添加到PATH后即可使用。

3. Java編譯軟件

• 下載并解壓：下載Java軟件并解壓。

  

• 使用：解壓后即可使用。

  

其他安裝方法

apt-get

• 安裝軟件：使用apt-get命令，例如安裝w3m：

  sudo apt-get install w3m

  

• APT包介紹：APT是debian及其派生發行版的軟件包管理器，簡化了unix系統上的軟件管理過程。

• 常用工具：

  工具	說明
  install	安裝軟件包
  update	更新本地軟件源
  upgrade	升級本地軟件包
  dist-upgrade	解決依賴關系并升級
  remove	移除軟件包（不含配置文件）
  autoremove	移除不再使用的軟件包
  purge	完全移除軟件包（含配置文件）
  clean	移除已安裝軟件包的本地緩存
  autoclean	移除已安裝軟件包的舊版本

• 常用參數：

  參數	說明
  -y	自動回應是否安裝
  -s	模擬安裝
  -q	靜默安裝
  -f	修復損壞的依賴關系
  -d	只下載不安裝
  –reinstall	重新安裝
  –install-suggests	同時安裝建議的軟件包

• 安裝與升級與卸載：

  sudo apt-get --reinstall install w3m sudo apt-get update sudo apt-get upgrade sudo apt-get dist-upgrade sudo apt-get remove w3m sudo apt-get purge w3m sudo apt-get autoremove sudo apt-cache search softname1 softname2 softname3……

dpkg

• dpkg介紹：dpkg是Debian Package的簡寫，用于安裝本地deb軟件包，是APT的前端工具。

  

• 安裝相關內容：使用-d選項下載但不安裝軟件包：

  sudo apt-get update sudo apt-get -d install -y emacs sudo dpkg -i emacs24_24.5+1-6ubuntu1.1_amd64.deb sudo apt-get -f install -y

  

• 查詢安裝位置：

  sudo dpkg -L emacs24

總結

隨著conda和mamba等工具的出現，軟件安裝變得更加便捷。但了解上述方法對于生信人員仍然非常重要，因為它們提供了更靈活的軟件管理方式。