入門生物信息學，初學者除了可能已經接觸過的r語言外，另一個重要工具就是linux系統。很多人可能會問，為什么需要使用linux系統？windows系統難道不夠用嗎？答案是，確實不夠用。
雖然R語言有windows版本，但它的主要功能是用于繪圖。對于轉錄組分析來說，R語言可以用于下游分析，但上游分析，如我在之前文章中提到的測序數據處理，需要在Linux環境下使用各種軟件和組合，形成數據處理的pipeline。
接下來，讓我們簡單了解一下Linux系統。
一、Linux是什么
Linux系統有多種類型。我們日常使用的電腦有微軟的Windows和蘋果的macos，而macos的源系統是unix系統。Linux的上游系統也是Unix，但macOS作為一個封裝版本，更接近Unix系統。因此，很多人可能會誤以為macOS和Linux系統很相似。了解了這一層關系后，可以說Linux和macOS都是Unix的下游系統。
在手機方面，安卓手機的android系統以及最近火熱的國產手機大廠華為的鴻蒙系統都是基于Unix系統開發的。年紀稍大的前輩們在安卓手機剛推出時，可能接觸過一些可以編輯命令行的軟件，這也和Linux系統很相似。實際上，這些系統都是Unix的變種。
回到主題，Linux可以簡單地看作是一個操作系統。當然，它也有圖形化界面，但在我們后續的學習中，大多數接觸的是命令行界面。只要學會使用這些軟件，學習難度并不大，大家可以放心。
二、Linux發行版本
三、為什么學習生物信息學需要學習Linux
1、生物信息學軟件通常是Linux版本
2、命令行操作更加高效
3、命令行適合批量處理
4、命令行適合自動化處理
四、如何獲得Linux學習環境
五、選擇
六、為什么Linux比較難學？
1、命令行模式
2、目錄結構
3、環境配置
4、權限控制
